Jan Twardowski urodził się 1 czerwca 1915 roku w Warszawie. Miał trzy siostry: dwie starsze i jedną młodszą. Sam, gdy opowiadał o sobie, mówił, że miał dobre siostry i dobrych rodziców, wzruszające święta. Wyrastał w dobrej atmosferze. Nazywał siebie rozpieszczonym dzieckiem Pana Boga.
Od wczesnego dzieciństwa pasjonowała go przyroda, zachwycał się wszystkim, co go otaczało, w tym świecie czuł się swobodnie. W świecie ludzi cechowała go nieśmiałość, brak pewności siebie. Należał do samotników, nie prowadził bujnego życia towarzyskiego. Bliski kontakt z naturą umożliwiały mu wyjazdy do brata matki, który miał niewielki majątek pod Warszawą. Tam, jako chłopiec, spędzał swoje wakacje. Uczył się rozpoznawać zwierzęta i rośliny, zbiory botaniczne gromadził w zielniku. Uwielbiał książki przyrodnicze i historyczne. Lubił też czytać baśnie Andersena, nie znosił baśni braci Grimm ze względu na zawarte w nich okropieństwa i przemoc. Czytał właściwie wszystko: Żeromskiego, Kraszewskiego, Sienkiewicza, Prusa, Orzeszkowa, Reymonta, nawet Rodziewiczównę. Nie przepadał za Gombrowiczem. Fascynowała go poezja Syrokomli, Słowackiego, Mickiewicza, w późniejszym okresie Lenartowicza, Lechonia, Baczyńskiego, Kamieńskiej, księdza Baki, Sępa Szarzyńskiego. Sięgał także po utwory Miłosza, Różewicza, Herberta, Szymborskiej. Lubił humor Kornela Makuszyńskiego, Marka Twaina.
Ukończył Państwowe Gimnazjum Matematyczno-Przyrodnicze im. Tadeusza Czackiego w Warszawie. Tam w roku 1936 zdał maturę. Już jako licealista próbował pisać wiersze. W latach 1931-1936 był współredaktorem pisma młodzieży szkolnej “Kuźnica Młodych”. W 1937 r. rozpoczął studia polonistyczne na Uniwersytecie Warszawskim, w tym też roku wydal swój pierwszy tomik wierszy zatytułowany “Powrót Andersena”. Podczas wojny walczył jako żołnierz AK, uczestniczył w powstaniu warszawskim.
W trakcie wojny w marcu 1945 r. zaczął naukę w tajnym Seminarium Duchownym w Warszawie, którą kontynuował z przerwami do 1948 r., kiedy to 4 lipca przyjął święcenia kapłańskie. W tym też roku uzyskał tytuł magistra filologii polskiej.
Pracę duchownego rozpoczął zaraz po studiach jako wikary parafii w podwarszawskim Pruszkowie-Żbikowie, gdzie przebywał trzy lata. Z twórczością, zarówno w seminarium, jak i w Żbikowie, nie zerwał.
W 1951 roku wrócił do Warszawy. Był wikarym w kościele św. Stanisława na warszawskim Żoliborzu, a następnie w kościele Matki Boskiej Nieustającej Pomocy na Saskiej Kępie oraz w kościele Wszystkich Świętych przy placu Grzybowskim. Od 1948 roku pełnił też obowiązki prefekta w Pruszkowie w szkole specjalnej i w Koszajcu w domu dziecka, następnie w Warszawie na Woli w gimnazjum im. A. Sowińskiego, a później w liceum im. Św. Stanisława, nazwanym przez Kurię Warszawską Wydziałem Przygotowawczym Wyższego Metropolitarnego Seminarium Duchownego.
Od 1 sierpnia 1959 r. aż do emerytury był rektorem kościoła sióstr Wizytek na Krakowskim Przedmieściu w Warszawie. Wybrał prowadzenie mszy oraz kazania dla dzieci, którym później zadedykował m. in. zbiory: Zeszyt w kratkę oraz Patyki i patyczki.
Wcześniej, bo już pod koniec 1945 r., powrócił do publikowania wierszy. Jego twórczość trafiła wówczas m.in. na łamy Tygodnika Powszechnego. Wielką popularność przyniósł mu wydany w 1970 r. tom Znaki ufności. W 1980 roku uhonorowano Twardowskiego nagrodą PEN Clubu im. Roberta Gravesa za całokształt twórczości, w 1996 roku Orderem Uśmiechu, w 2000 roku nagrodą IKAR oraz Dzieciecą Nagrodą SERCA a rok później TOTUS, która zwana jest również “katolickim Noblem”. W 1999 r. Katolicki Uniwersytet Lubelski przyznał mu tytuł doktora honoris causa.
Nigdy nie należał do żadnej partii czy związku politycznego. Raziła go endecja, uległ natomiast legendzie Piłsudskiego, był jego zwolennikiem.
Jego utwory były przeznaczone dla dzieci, młodzieży oraz dorosłych. Wolał jednak pisać dla dzieci. Dla nich przeznaczył m.in.: “Zeszyt w kratkę”, “Patyki i patyczki”, “Kasztan dla milionera”, “Dwa osiołki”, “Kubek z jednym uchem”. Chciał prostym językiem wyjaśnić dzieciom Ewangelię. Sam twierdził, że pisze tylko podczas wakacji, kiedy odrywa się od wszystkiego i odpoczywa. Nazywał siebie księdzem, który pisze wiersze. Poprzez nie szukał kontaktu z ludźmi, był to także jego sposób porozumiewania się z Bogiem.
Był zawsze optymistą, do tego stopnia, że nie wierzył w rozpoczęcie drugiej wojny światowej. Zawsze miał poczucie istnienia Boga, nigdy nie przeżył momentu zwątpienia. Jego życiu towarzyszyło przeczucie, że widzi Boga, że z Nim obcuje, że On uczestniczy w jego losie. Nigdy Boga nie widział, ale dostrzegał Jego działanie w tym, co się z nim samym działo. Wierzył w zwycięstwo dobra nad złem, w to, że na świecie jest więcej ludzi dobrych niż złych. Uważał, że jeśli człowiek zrozumiałby Boga, wtedy Bóg przestałby być Bogiem. Tajemnice są czymś, co przerasta człowieka, ale sprawiają, ze świat jest ciekawy. Był przekonany, że cierpienie ma sens, jest potrzebne dla naszego dobra. Wierzył w istnienie sprawiedliwości Bożej, która polega na nierówności, która sprawia, że ludzie są sobie nawzajem potrzebni. Miłość była dla niego dowodem na istnienie Boga.
Zmarł wieczorem 18 stycznia 2006 r. w Warszawie. Został pochowany w krypcie dla zasłużonych w Świątyni Opatrzności Bożej, zgodnie z życzeniem prymasa Polski kardynała Józefa Glempa, ale wbrew swojej ostatniej woli, gdyż chciał być pochowany na warszawskich Powązkach.